L'istituzione di complete relazioni diplomatiche tra Israele e la Santa Sede (secondo i termini dell'Accordo Fondamentale, firmato a Gerusalemme nel dicembre 1993) sembrerebbero un passo molto significativo nel contesto di un processo storico di cambiamento d'atteggiamento, da parte della chiesa nei confronti dell'ebraismo e del popolo ebraico, che era pubblicamente iniziato con la dichiarazione Nostra Aetate pubblicata dal Concilio Vaticano II nel 1965.
Nell'Accordo Fondamentale, Israele e la Santa Sede rilevano "l'unicità delle relazioni tra la chiesa cattolica e il popolo ebraico..." e si impegnano alla "necessaria collaborazione nella lotta contro ogni forma di antisemitismo e ogni tipo di razzismo e di intolleranza religiosa, e nella promozione della reciproca comprensione tra le nazioni, della tolleranza fra le comunità e del rispetto per la vita e la dignità umana." oltre che alla promozione della "pacifica risoluzione dei conflitti tra gli stati e le nazioni, con l'esclusione della violenza e del terrore dalla vita internazionale". Ulteriori Impegni riguardano il regime di status quo concernente i luoghi santi del cristianesimo, questioni concernenti la libertà di religione, pellegrinaggi e altri argomenti.
Nel novembre 1997 fu firmato un accordo a Gerusalemme che definiva lo stato della chiesa cattolica in Israele e della sua gerarchia al cospetto della legge israeliana. Questo accordo costituisce il primo riconoscimento de jure della chiesa cattolica da parte di un governo della Terra Santa.
Nel marzo 2000, Papa Giovanni Paolo II arrivò in Israele in pellegrinaggio personale nei luoghi santi e si incontrò con il Presidente Ezer Weizman e con il Primo Ministro Ehud Barak. Tra gli altri eventi, sono da annoverare gli incontri con i rabbini capo d'Israele e le visite a Yad Vashem (il museo dell'olocausto) e al Muro del Pianto. Questa visita diede risalto al progressivo processo di comprensione esistente tra l'ebraismo e la chiesa cattolica.